Bioinformaticienne / Bio-informaticienne
Emploi Recherche
Biot, 60, Alpes-Maritimes, Hauts-de-France
Bioinformaticien.ne (CDD) Développement d'un pipeline de metabarcoding et analyse comparative short/long reads Environnement de travail, missions et activités Dans le cadre d'un projet de recherche portant sur la biodiversité environnementale, le plateau de Bioinformatique et Génomique (BIG) de l'unité Institut Sophia Agrobiotech (ISA) recrute un-e bioinformaticien-ne pour concevoir et mettre en œuvre un pipeline d'analyse en metabarcoding. Le projet vise à comparer les performances de lectures courtes (Illumina) et longues (PacBio) sur les mêmes échantillons environnementaux ainsi qu'analyser les résultats obtenus. Missions principales : 1. Concevoir, développer et documenter un pipeline bioinformatique reproductible pour le traitement des données de metabarcoding (démultiplexage, contrôle qualité, assemblage, clustering/ASV, assignation taxonomique). 2. Adapter les étapes d'analyse aux spécificités des short reads et long reads, avec comparaison des performances (diversité alpha/bêta, résolutions taxonomiques, erreurs, etc.). 3. Effectuer des analyses statistiques et visuelles des résultats (diversité, composition, abondances, clustering). 4. Interpréter des résultats[...]
