Chargé / Chargée de recherche en agriculture
Emploi Recherche
Petit-Bourg, 971, Guadeloupe, Guadeloupe
LE CIRAD recherche un.e Assistant.e de recherche en bio-analyse et génomique comparative des ignames en mission Volontaire de Service Civique (VSC) Intégré-e à l'équipe DEFI de l'UMR AGAP Institut en Guadeloupe, le/la VSC interviendra au coeur des activités de génomique et de bio-informatique du projet EvoSexYam, qui vise à comprendre l'origine, la divergence et la dynamique évolutive des chromosomes sexuels chez les ignames. La mission débutera par l'assemblage, le polissage et le phasage de quatre génomes d'igname, à partir de données de séquençage longue lecture (PacBio HiFi) et de données de proximité chromosomique (Pore-C). La qualité des assemblages sera évaluée à l'aide d'outils standards (BUSCO, QUAST, etc.), et des améliorations itératives seront proposées si nécessaire. Le/la VSC réalisera ensuite l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes (gènes, éléments transposables, régions répétées) et mènera des comparaisons entre haplotypes, avec un focus particulier sur les chromosomes sexuels et leurs régions spécifiques. Le/la VSC exploitera également des données de génomique et de transcriptomique (WGS, RNA-seq) pour identifier des régions associées au[...]
