informations générales
Gif-sur-Yvette
Missions :
L'ingénieur en bioinformatique aura pour mission la mise en place des outils d'analyse de données génomiques (ADN et ARN) dans le cadre d'un projet sur la régulation de la formation des crossovers méiotiques chez le champignon filamenteux Sordaria macrospora.
Activités :
Adapter et mettre en œuvre des procédures de traitement des données génomiques :
- Assemblage de novo d'un génome de champignon (35Mb) à partir de données Illumina et PacBio/Nanopore
- Annotation du génome grâce à des données de RNA-seq chez le sauvage
- Analyse de données RNA-seq chez des mutants
- Définir, mettre en oeuvre et mettre à jour un Plan de Gestion de Données (PGD)
Compétences :
- Formation en bioinformatique
- Bonne maitrise des outils d'analyse de données de séquençage ADN
- Bonne maitrise des outils d'analyse de données de séquençage ARN
- Gestion de workflow
- Biostatistiques
- Rigueur et autonomie
- Connaissances des règles FAIR de reproductibilité
- Connaissances de bases en biologie (génomique et génétique)
- Savoir communiquer sur des résultats, notamment à des biologistes non bioinformaticiens
Contexte de travail :
L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay, situé sur le campus de recherche de Gif-sur-Yvette. L'I2BC rassemble de nombreuses équipes de recherche travaillant sur tous les aspects de la cellule, des constituants cellulaires jusqu'à l'interaction des cellules entre elles.
Le département Biologie des Génomes se focalise sur l'étude du matériel génétique. L'équipe Appariement et Recombinaison Méiotique s'intéresse aux mécanismes moléculaires de la méiose, une étape clé de la reproduction sexuée. . L'équipe est composée de 3 chercheurs et d'une ingénieure de recherche permanents, 2 étudiants en thèse, une post-doctorante et 2 ingénieurs en CDD.
Le projet, coordonné par deux chercheurs permanents, porte sur la caractérisation de différents acteurs régulant la formation des crossovers méiotiques, échanges réciproques d'ADN entre chromosomes homologues qui ont lieu pendant la méiose, chez Sordaria macrospora.
Possibilité de restauration CNRS + remboursement partiel des frais de transport en commun.
Contraintes et risques :
Pas d'astreinte d'horaires.
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Activités :
Adapter et mettre en œuvre des procédures de traitement des données génomiques :
- Assemblage de novo d'un génome de champignon (35Mb) à partir de données Illumina et PacBio/Nanopore
- Annotation du génome grâce à des données de RNA-seq chez le sauvage
- Analyse de données RNA-seq chez des mutants
- Définir, mettre en oeuvre et mettre à jour un Plan de Gestion de Données (PGD)
Compétences :
- Formation en bioinformatique
- Bonne maitrise des outils d'analyse de données de séquençage ADN
- Bonne maitrise des outils d'analyse de données de séquençage ARN
- Gestion de workflow
- Biostatistiques
- Rigueur et autonomie
- Connaissances des règles FAIR de reproductibilité
- Connaissances de bases en biologie (génomique et génétique)
- Savoir communiquer sur des résultats, notamment à des biologistes non bioinformaticiens
Contexte de travail :
L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay, situé sur le campus de recherche de Gif-sur-Yvette. L'I2BC rassemble de nombreuses équipes de recherche travaillant sur tous les aspects de la cellule, des constituants cellulaires jusqu'à l'interaction des cellules entre elles.
Le département Biologie des Génomes se focalise sur l'étude du matériel génétique. L'équipe Appariement et Recombinaison Méiotique s'intéresse aux mécanismes moléculaires de la méiose, une étape clé de la reproduction sexuée. . L'équipe est composée de 3 chercheurs et d'une ingénieure de recherche permanents, 2 étudiants en thèse, une post-doctorante et 2 ingénieurs en CDD.
Le projet, coordonné par deux chercheurs permanents, porte sur la caractérisation de différents acteurs régulant la formation des crossovers méiotiques, échanges réciproques d'ADN entre chromosomes homologues qui ont lieu pendant la méiose, chez Sordaria macrospora.
Possibilité de restauration CNRS + remboursement partiel des frais de transport en commun.
Contraintes et risques :
Pas d'astreinte d'horaires.
