informations générales
Paris
Place de l'emploi public recherche pour Assistance publique - hôpitaux de Paris (AP-HP) un Développeur Full Stack - Plateforme Big Data 2020-85Assistance publique - hôpitaux de Paris (AP-HP)
Mission générale :
Au sein de l’équipe en charge de la Plateforme Big Data de l’APHP, vous aurez pour missions de proposer et de développer des outils ou composants répondant aux attentes des médecins et chercheurs pour l’exploitation des données collectées dans le cadre de leurs projets de recherche. Ces développements s’inscrivent dans un contexte de standardisation des données selon le modèle de données commun OMOP (https://www.ohdsi.org/data-standardization/the-common-data-model/) et d’interopérabilité sur la base du standard d’échange HL7-FHIR.
En effet, de par la très grande diversité et volumétrie des données (diagnostiques, imagerie, biologie…), la plateforme Big Data développe des outils spécifiques pour la visualisation, l’analyse, le requêtage, l’annotation et la qualité des données. Dans ce contexte a été lancé un projet nommé Cohort360, qui a pour objectif :
• de permettre aux chercheurs et différents personnels médicaux de requêter l’ensemble des données disponibles dans l’EDS (et donc récupérées depuis les 40 hôpitaux de l’AP-HP) ;
• de visualiser les données médicales disponibles ;
• de sélectionner un sous-ensemble de données afin de constituer environnement de recherche spécifique de type Jupyter (plateforme web d’analyse de données) ;
• d’exporter un sous-ensemble de données vers des outils d’annotation de données, ou pour entrainer des modèles IA/algorithmes de machine learning
L’EDS prévoit également à court terme le lancement d’autres projets visant à valoriser les données et outils mis en place, notamment :
• Un portail web d’accès aux services de l’EDS ;
• Un site de cartographie des données présentes dans l’EDS.
Dans le cadre de ces projets, il s’agira de contribuer à la création d’API, d’outils d’intégration, de visualisation, d’exploration et d’enrichissement de données médicales pour la recherche, souvent en lien direct avec des personnels médicaux. Ces développements relèvent typiquement :
• de l’intégration technique des données cliniques ;
• de la pseudonymisation des données pour assurer la confidentialité des dossiers médicaux ;
• de la standardisation des modèles de données ;
• de la mise en place de moteurs de recherche performant incluant des notions sémantiques et de l’analyse qualitative et statistique des données collectées ;
• De réaliser des calculs, requêtes et analyses à la volée sur les données médicales.
• de la gestion des méta-données nécessaires au bon fonctionnement de l’interface utilisateur ;
• de l’authentification des utilisateurs ;
Selon la typologie des données (données structurés, imagerie, voix, signaux physiologiques, etc.) des outils plus spécifiques sont également mise en œuvre.
Vous intervenez dans le cadre de groupes de travail pluridisciplinaires visant la définition de nouvelles fonctionnalité...
En savoir plus sur cette annonce sur le site de notre partenaireMission générale :
Au sein de l’équipe en charge de la Plateforme Big Data de l’APHP, vous aurez pour missions de proposer et de développer des outils ou composants répondant aux attentes des médecins et chercheurs pour l’exploitation des données collectées dans le cadre de leurs projets de recherche. Ces développements s’inscrivent dans un contexte de standardisation des données selon le modèle de données commun OMOP (https://www.ohdsi.org/data-standardization/the-common-data-model/) et d’interopérabilité sur la base du standard d’échange HL7-FHIR.
En effet, de par la très grande diversité et volumétrie des données (diagnostiques, imagerie, biologie…), la plateforme Big Data développe des outils spécifiques pour la visualisation, l’analyse, le requêtage, l’annotation et la qualité des données. Dans ce contexte a été lancé un projet nommé Cohort360, qui a pour objectif :
• de permettre aux chercheurs et différents personnels médicaux de requêter l’ensemble des données disponibles dans l’EDS (et donc récupérées depuis les 40 hôpitaux de l’AP-HP) ;
• de visualiser les données médicales disponibles ;
• de sélectionner un sous-ensemble de données afin de constituer environnement de recherche spécifique de type Jupyter (plateforme web d’analyse de données) ;
• d’exporter un sous-ensemble de données vers des outils d’annotation de données, ou pour entrainer des modèles IA/algorithmes de machine learning
L’EDS prévoit également à court terme le lancement d’autres projets visant à valoriser les données et outils mis en place, notamment :
• Un portail web d’accès aux services de l’EDS ;
• Un site de cartographie des données présentes dans l’EDS.
Dans le cadre de ces projets, il s’agira de contribuer à la création d’API, d’outils d’intégration, de visualisation, d’exploration et d’enrichissement de données médicales pour la recherche, souvent en lien direct avec des personnels médicaux. Ces développements relèvent typiquement :
• de l’intégration technique des données cliniques ;
• de la pseudonymisation des données pour assurer la confidentialité des dossiers médicaux ;
• de la standardisation des modèles de données ;
• de la mise en place de moteurs de recherche performant incluant des notions sémantiques et de l’analyse qualitative et statistique des données collectées ;
• De réaliser des calculs, requêtes et analyses à la volée sur les données médicales.
• de la gestion des méta-données nécessaires au bon fonctionnement de l’interface utilisateur ;
• de l’authentification des utilisateurs ;
Selon la typologie des données (données structurés, imagerie, voix, signaux physiologiques, etc.) des outils plus spécifiques sont également mise en œuvre.
Vous intervenez dans le cadre de groupes de travail pluridisciplinaires visant la définition de nouvelles fonctionnalité...
