Ingénieur(e) d'essais en études, recherche et développement

Au sein de l'équipe de recherche EDYMAR « Ecogéochimie et dynamique des écosystèmes marins » de la Station biologique de Roscoff (SBR) rattaché à la faculté des sciences et ingénierie de Sorbonne Université :

Localisation : Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff


Fonctions : Ingénieur-e d'étude en charge d'identification moléculaire de communautés benthique : de la collecte à l'assignation taxinomique
Emploi-type : Ingénieur-e en études d'environnements géo-naturels et anthropisés - A2D47
Catégorie : A
Corps : IGE
BAP : A

CDD de 24 mois.
A pourvoir à compter du 01/04/2026.

Mission :
Contexte : Ce poste s'inscrit dans le projet STABILO.
La mission principale de l'agent-e est de développer, d'adapter et de mettre en œuvre un ensemble de méthode et technique d'inventaire et de suivi par métabarcoding. Sous la responsabilité des chercheurs impliqués (JC Leclerc, E Thiébaut, C Daguin-Thiébaut, T Comtet, DISEEM), il/elle aura plus particulièrement à charge le second objectif du projet (Intercalibrer et tester la pertinence méthodologique d'une approche de métabarcoding ADN vis-à-vis d'une approche basée sur la morphologie pour caractériser la diversité d'une communauté), et contribuera ainsi indirectement aux trois autres. Ce travail s'intègre également dans le projet de thèse de V Ferrari, avec qui l'agent interagira régulièrement.

Activités principales :
L'ingénieur.e participera à l'organisation du suivi des communautés et de l'échantillonnage sur le terrain (15%) :
- Organiser et participer à la collecte en mer (plongée) des échantillons benthiques (macroalgues, macrofaune) en partenariat avec les agents/collaborateurs en charge des suivis
- Préparer le matériel spécifique pour la collecte des échantillons en vue d'analyse de métabarcoding
- Organiser et adapter les techniques de traitement des échantillons au retour au laboratoire (pré-tri et adaptation de la méthode de fixation, cf. identification morphologique ou métabarcoding)

Il/elle sera responsable de l'acquisition des données de métabarcoding (75 %) :
- Concevoir, mettre en œuvre et adapter des techniques de biologie moléculaire pour analyser des échantillons benthiques par métabarcoding
- Réaliser des extractions d'ADN et d'amplification de marqueurs pour le métabarcoding des communautés benthiques. Organiser la production des données de métabarcoding (séquençage). Réaliser les analyses bioinformatiques des données de métabarcoding, en mettant en place des pipelines informatiques intégrant le nettoyage et l'assignation des séquences à des bases de données de référence.
- Gérer des bases de données de référence, en contribuant à leur enrichissement par de nouvelles séquences le cas échéant
- Mettre en place une démarche qualité de l'ensemble du processus de l'échantillonnage à l'analyse des données, dans le respect des principes F.A.I.R.
- Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine d'activités
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité

Il/elle contribuera à la valorisation scientifique du projet :
- Rédiger des rapports d'expérience, d'études ou des notes techniques (cf. contribution aux rapports intermédiaires et finaux de projets + publications). Participation à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications
- Transmission des connaissances et compétences
- Contribuer à entretenir les bonnes relations établies pour le projet avec les acteurs de terrain (professionnels, institutionnels et scientifiques)

Exposition aux risques professionnels : Exposition occasionnelle à du formaldéhyde, du tétraborate de sodium

Conditions particulières d'exercice : Horaires décalés et travail nocturne possibles, déplacements occasionnels sur plusieurs jours